Допустим, вы используете версию 1.16.1 и хотите обновить Nginx до 1.17.6 (на момент написания статьи это последняя версия).

Для начала перейдем на страницу загрузок (https://nginx.org/ru/download.html), скопируем ссылку на последнюю версию и скачаем ее:
wget http://nginx.org/download/nginx-1.17.6.tar.gz

Далее разархивируем архив и перейдем в папку nginx-1.17.6:
tar zxvf nginx-1.17.6.tar.gz && cd nginx-1.17.6/

Выполним следующую команду, которая покажет текущую конфигурацию вашего сервера, вывод которой скопируем себе:
nginx -V
Нам понадобится все, что идет начиная с --prefix=...:

Вводим следующую команду, подставив полученные на предыдущем шаге параметры:
(у вас будут другие параметры - код выше просто для примера). То есть, вводите ./configure и далее вставляете все, начиная с --prefix=.

Если все прошло без ошибок, то соберем Nginx:
make
make install

Проверим версию nginx -V и перезапустим Nginx:
systemctl restart nginx

Примечание: если вы хотите добавить новый модуль Nginx, то, при сборке, указываете это в вашей строке с конфигурацией, например:
--with-http_geoip_module

Если добавляете сторонний модуль, то:
--add-module=/root/nginx-1.17.6/ngx_http_substitutions_filter_module
или
--add-dynamic-module=/root/nginx-1.17.6/ngx_http_substitutions_filter_module

Динамические модули необходимо подключать в nginx.conf
load_module /usr/lib64/nginx/modules/ngx_http_subs_filter_module.so;